Análise Estrutural de Inibidores de Integrinas
By Jorge Hernandez Fernandez
Length2h 47m
About this audiobook
O Docking Molecular participa do desenvolvimento de áreas como Biologia Computacional, Farmacologia e Biologia Estrutural. Principalmente quando compete ao desenho racional de fármacos, experimentos de docking têm função central na escolha de moléculas líderes. Entretanto, diversos programas surgiram nos últimos anos, capazes de predizer com certa precisão matemática a disposição de ligantes no sítio de ligação. Precisão matemática não garante resultados "correspondentes-ao-experimental", quando a interação envolve estruturas proteicas complexas, mobilidade ou cofatores. Até mesmo programas renomados e profissionais como Glide, Gold, SwissDock e AutoDock falham em caracterizar complexas, contudo, importantes interações biológicas. Neste trabalho, nós realizamos experimentos de docking com quatro programas de uso livre, observando similaridades e diferenças em seus padrões de resultados, comparando os resultados de energia livre de ligação (ΔG), mas principalmente observando como a contribuição eletrostática de metais é calculada em cada caso.
Audiobook details
GenreTechnology
Length2 hrs 47 mins
Narrated byListen with 1,000+ voices
FormateBook with Audio
Publish dateApr 28, 2024
LanguagePortuguese
Table of contents
1Agradecimentos
21 Introdução
31.1 A União da Computação às Biociências
41.2 Docking Molecular do Tipo Ligante-Receptor: 1.2.1 Estado da Arte
51.3 Integrinas
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61.4 Integrinas: Aspectos Estruturais e de Reconhecimento
71.5 Integrinas: Aspectos Estruturais sobre Sinalização e Ativação
81.5.1 Sinalização “inside-out”
91.5.2 Sinalização “outside-in”
101.6 Antagonistas de Integrinas: Desintegrinas
112 Objetivos Gerais
123 Materiais e Métodos
133.1 Desenho Experimental
143.2 Alinhamento
153.3 Integrinas, Inibidores e Tripeptídeos Teóricos
163.4 Critérios de Qualidade de Interação Molecular (CQIM)
173.5 Programas de Docking Molecular, Preparação das Estruturas e Campos de Força
183.5.1 AutoDock 4.2
193.5.2 AutoDock Vina (Vina)
203.5.3 DockThor
213.5.4 EADock DSS (SwissDock)
223.6 Algoritmo Genético (AG)
234 Resultados
244.1 Comparações das Estruturas
254.1.1 Características Estruturais das Subunidades αV e α6
264.1.2 Características Estruturais das Subunidades β3 e β1
274.2 Docking Molecular
284.2.1 Energia Livre de Ligação (ΔG), Análise Quantitativa
294.2.1.1 AutoDock
304.2.1.2 DockThor
314.2.1.3 SwissDock
324.2.1.4 Vina
334.2.2 Análise Qualitativa das Estruturas
344.2.2.1 AutoDock
354.2.2.2 DockThor
364.2.2.3 SwissDock
374.2.3 Taxa de Sucesso
384.2.4 “Comparative Molecular Force Field Analysis” (CoMFFA)
394.2.4.1 Correlação AutoDock – DockThor
404.2.4.2 Correlação AutoDock – SwissDock
414.2.4.3 Correlação DockThor – SwissDock
424.2.5 Predição da Estrutura Tridimensional e Disposição dos Ligantes
434.2.5.1 Disposição dos Inibidores Cíclicos Peptídicos
444.2.5.1.1 Inibidor A9a
454.2.5.1.2 Inibidor A9e
464.2.5.1.3 Inibidor A9s
474.2.6 Análise estrutural dos modelos de interação obtidos para os tripeptídeos teóricos
485 Discussão
495.1 Alinhamento sequencial das integrinas α6β1 e αVβ3
505.2 Docking Molecular
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