Nathan conseguiu cumprir sua tão complicada Missão: levar Kurt para sua família. Mas durante essa Missão várias descobertas foram feitas, e algumas delas precisam ser esclarecidas. Infelizmente para Nathan, ele está em outra Missão — secreta — mas que ele não consegue finalizar sozinho. Essa é a hora em que Nathan terá que ver quais dos Ajudantes realmente querem ser Ajudantes nessa perigosa Missão. O fato é que Nathan precisa descobrir todos os segredos da Colônia, assim como ele tentou descobrir os da Colmeia. Mas isso também vai levá-lo a determinado momento onde ele terá que provar sua lealdade. Então entre sua Missão secreta dentro da Colônia e sua Missão de comprovação de lealdade, ele irá procurar ajudar os habitantes da cidade de Zorija, tentando curá-los da terrível doença conhecida como zumalia.
